Seit dem Schuljahr 2006/07 gibt es am CAG das Präfektensystem. Ungefähr 15 Schüler und Schülerinnen aus den Jahrgängen 10 bis 12 haben sich bereiterklärt, freiwillig Aufgaben am Clemens-August-Gymnasium zu übernehmen. Dabei übernehmen sie Patenschaften für den Jahrgang 5, veranstalten in Zusammenarbeit mit den Deutschlehrern Lesenächte für die Fünftklässler, organisieren Motto- oder Turnierwochen und unterstützen die schuleigenen Theater- und Musikveranstaltungen.
Des Weiteren ergänzen die Präfekten die Pausenaufsichten auf dem Schulhof und den Jahrgangsfeten der 7./8. Klassen.
Im Rahmen einer wöchentlichen Arbeitsgemeinschaft werden die Präfekten in zweistündigen Treffen ausgebildet und auf ihre Aufgaben vorbereitet. Fernerhaben sie die Möglichkeit, im Rahmen des Präfektenunterrichts die Qualifikation zum Erwerb der Jugendleiterkarte zu erwerben.
Die Organisation des Präfektensystems liegt in den Händen von Frau Richter und Frau Bohmann. Als Ansprechpartner fungieren die Präfektensprecherin Anita Ruhl sowie ihr Stellvertreter Niklas Remmers aus dem Jahrgang 11.